Sekretariat Jenderal Bawaslu dipimpin oleh seorang Sekretaris Jenderal yang bertanggung jawab kepada Ketua Bawaslu. Sekretariat Jenderal Bawaslu mempunyai tugas memberikan dukungan administrasi dan teknis operasional kepada Bawaslu.
Dalam melaksanakan tugas, Sekretariat Jenderal Bawaslu menyelenggarakan fungsi:
- Penyusunan rencana dan program kerja serta laporan kegiatan Bawaslu;
- Pembinaan dan pelaksanaan perencanaan, administrasi kepegawaian, ketatausahaan, perlengkapan, dan kerumahtanggaan, serta pengelolaan keuangan di lingkungan Bawaslu;
- Pemberian dukungan administratif dan teknis pengawasan Pemilu, penanganan pelanggaran Pemilu, dan penyelesaian sengketa proses Pemilu;
- Pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana di lingkungan Sekretariat Jenderal Bawaslu, Sekretariat Bawaslu Provinsi, dan Sekretariat Bawaslu Kabupaten/Kota;
- Pelaksanaan penyusunan peraturan perundangundangan, dokumentasi hukum, dan advokasi hukum, serta hubungan masyarakat dan kerja sama di bidang kepemiluan;
- Pelayanan kegiatan pengumpulan, pengolahan, dan penyajian data, serta penyusunan laporan kegiatan Bawaslu;
- Koordinasi dan pembinaan terhadap pelaksanaan tugas unit organisasi di lingkungan Sekretariat Jenderal Bawaslu, Sekretariat Bawaslu Provinsi, dan Sekretariat Bawaslu Kabupaten/Kota; dan
- Pelaksanaan dukungan yang bersifat substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Bawaslu.
Dalam menjalankan tugas dan fungsi, Sekretariat Jenderal Bawaslu mempunyai wewenang:
- Mengoordinasikan penyelenggaraan kegiatan administrasi Bawaslu;
- Mengoordinasikan dan menyusun rencana strategis, program kerja, dan anggaran Bawaslu;
- Mengelola keuangan dan barang milik negara; dan
- Melakukan pengelolaan dan pembinaan manajemen sumber daya manusia di lingkungan Sekretariat Jenderal Bawaslu.
Sekretariat Jenderal Bawaslu dibantu oleh:
- Deputi Bidang Administrasi;
- Deputi Bidang Dukungan Teknis; dan
- Inspektorat Utama
Selain dibantu 2 (Deputi) dan 1 (satu) Inspektorat Utama,Sekretariat Jenderal Bawaslu membawahi:
- Pusat Penelitian, Pengembangan, Pendidikan, dan Pelatihan; dan
- Pusat Data dan Informasi.